Деревня Агафоново, что на р. Москве, расположилась по соседству с селом Васильевским, и судьбы этих двух селений связаны самым тесным образом между собой. Свое название она получила, судя по всему, по имени первопоселенца, а в сохранившихся источниках впервые упоминается под 1624 г. в составе владений села Васильевского. Тогда в ней имелось три крестьянских двора и проживало пять человек. Затем деревней владел боярин Артамон Сергеевич Матвеев, а после его опалы в 1677 г. деревня Агафоновская вместе с Васильевским поступила в Приказ Большого Дворца. На рубеже XVII-XVIII вв. она принадлежала дьяку Емельяну Украинцеву.

По данным 1852 г. деревней распоряжалась княгиня Мария Николаевна Черкасская и в 20 дворах проживало 85 мужчин и 80 женщин. К 1890 г. население сократилось до 100 человек. В 1926 г. здесь было 33 хозяйства и 181 житель. Перепись 1989 г. отметила в Агафонове 27 хозяйств и 31 постоянного жителя.

К. А. Аверьянов